Para generar números con ceros a la izquierda se utiliza la función str_pad:
Ejemplo:
Generando un número de 6 posiciones con 3 ceros a la izquierda,
//Si el número = 1 entonces el resultado será: 000001
//Si el número = 113 entonces el resultado será: 000113
$indicador = $wpdb->get_var("SELECT MAX(id) FROM $tabla");
// Seleccionamos el num MAX de id de la tabla
$indicador = $indicador + 1;
//Incrementamos el valor de ID ya que nos hemos traído el máximo pero insertaremos el que sigue.
$num_contrato = "CV-".date("Y").str_pad($indicador, 6, "000", STR_PAD_LEFT);
// Generamos la clave del contrato utilizando para el número consecutivo la función str_pad
echo "Num_Contrato: $num_contrato"; Resultado: Num_Contrato: CV-2012000113